光合细菌对温度的要求和依赖性高于光照。也就是说，只要温度适宜，即使光照度不足，光合细菌也会生长，只是速度慢；如果光照充足，而温度较低，光合细菌很难生长甚至停止生长，温度过高则快速老化死亡。

因此，保存光合细菌，温度是关键。成品应放在低温环境下(15℃以下)保存，并保持一定的光照度，每天不少于2小时。这是因为光合细菌在结束培养时，正处于生长旺盛期，形成了很强的“生长惯性”，如果此时突然停止光照或光照很弱，5-10天后会出现光合作用失衡而导致大量死亡，使菌液发黑，并有恶臭。所以刚培养好的成品应尽量降温，逐步降低光照，以降低“生长惯性”，没有生长惯性时，光合细菌就进入了稳定期，此时在阴凉避光处可保存6个月。

很多养殖户对光合细菌的保存存在很大的误区：一是有很多养殖户培养好不及时保存，仍旧放在外界环境下曝晒，如此下去，很快就会耗尽培养基，加速光合细菌的衰亡；二是个别养殖户将扩繁好的光合细菌桶装密封后直接放在鱼塘旁，方便下次直接用，不用来回搬，这是不可取的。养殖高峰期，温度很高，更何况置于烈日下曝晒，结果是镜检基本无活菌；三是有的养殖户直接将扩繁好的光合细菌置于室内密封保存，此法不可取。