（一）不可与抗生素及其它杀菌剂混合使用，水体消毒1周后方可使用光合细菌；使用光合细菌后不可施用任何杀菌药物包括漂白粉。

（二）使用前，将菌液光照10小时以上，使用效果更好。

（三）光合细菌在25-30℃时生长最好，温度低于10℃则生长缓慢，高于40℃会受到抑制，故宜选择在水温适宜时施用，晴天水温20℃以上时施用效果较好。

（四）养殖池塘水中浮游藻类少，枝角类、轮虫等浮游动物偏多，一般此类水质即所谓的“水瘦”，往往表现为pH值、氨氮偏高，造氧生物少而耗氧水生物大量繁殖，鱼类易浮头。此时泼洒光合细菌效果不明显，应先适当泼洒杀虫剂，杀灭水中浮游动物，再引入或培养有益藻类。否则，泼洒入池的光合细菌很大部分作为浮游动物的饵料。要使光合细菌发挥作用，就必须杀灭水中浮游动物，为光合细菌生长繁殖提供更有利的空间。

（五）应灵活掌握用量和使用的连续性，定期、定量投放。因为光合细菌必须达到一定量，才能在水体中形成优势群落，发挥最大的作用。