在诊断鱼病的过程中，我们除了要对鱼的体表和鰓部进行检查之外，鱼的内脏检查也是非常重要的，我们需要检查的内脏内容是有很多的，所以，这些都是需要我们认真地做好记录工作。

首先我们需要将病鱼放到解剖盘内，之后我们还要用剪刀或是手术刀将一侧的鱼鳞清除掉，在清除掉鱼鳞的地方，将鱼的皮肤剪开，还需要剥去一部分的皮肤，观察皮肌肤是不是变成了红色。然后我们再在肛门处下剪，一直往上剪一直剪到鱼体腔的背部，在转过来向前剪，一直剪到鱼的鳃盖后缘，另一路，要沿着鱼的腹中线往前剪，一直剪到鱼的鳃盖后下缘，最后我们需要将这一部分的皮肤整个的去掉，就可以露出鱼的内脏器官了。

那接下来我们就可以开始观察了，首先要观察鱼的腹腔内是不是有腹水，如果是有腹水的话，腹水的颜色又是什么样的，有没有我们肉眼可以看到的寄生虫，常见的寄生虫都有鱼怪、线虫、舌状绦虫和长棘吻虫等等。然后我们要仔细地将体内的各个器官用剪刀分开，分别仔细的观察每个器官是不是有患病的症状。

肝胰脏：有没有肿胀的情况，有没有变色的情况，是不是呈花斑状，是不是有白点，是不是有脓包和结疖等。

胆囊：是不是肿大，是不是颜色变淡，是不是变得稀薄。

脾脏：是不是肿胀，是不是有颜色的变化，是不是呈花斑状，是不是又出血的点，是不是有脓包和结疖等。

心脏：是不是有肿胀的现象，是不是有血点或者是出血斑等。

肠道：取出肠道，用剪刀一直剪到后肠，分成前、中、后三段，放在解剖盘中，轻轻把肠道中的食物和粪便去掉，然后进行观察。

如果发现肠道全部或部分出血呈紫红色，就有可能是肠炎病和出血病。前肠壁增厚，肠内壁有散在的小白点或成片状物，可能是粘孢子虫病或球虫病。在肠内寄生的较大的寄生虫，吸虫、绦虫和线虫等这些都是容易被观察到的。

用肉眼检查主要以症状为主，我们需要观察各种各样不同疾病的临床症状，一种疾病通常会有好几种不同的症状，我们就拿肠炎来说，有鳍基部充血、蛀鳍、肛门红肿和肠壁充血等症状。如果是同一种症状，很多的疾病都是可以出现的，常见的疾病有细菌性赤皮病、烂鳃和肠炎等病，都会出现体色发黑、鳍基部充血等症状。所以，用肉眼检查的时候，我们需要全面的分析，抓住典型的症状进行综合的判断。

一般来说肉眼的观察已经可以说是鱼病主要的诊断方式了，毕竟有些的鱼病我们是可以直接地看出有明显的症状的。不过如果同一尾鱼体并发两种症状，就很难确定到底患了什么病。还有的症状是好几种鱼病都同时存在的，就比如说体色变黑、蛀鳍、烂尾和鳞片的脱落，还有鳃丝分泌的黏液等等多种的症状均在多种语病中出现。在这样的情况下，仅仅靠肉眼是不能完全确诊到底是换了什么疾病，这就需要我们用显微镜进行进一步的检查了。这里我们需要注意，显微镜观察的话必须使用活体后者刚刚死亡的病体。