鱼类病原体疾病是指因受比如细菌(含所有菌种)、寄生虫以及病毒等病原体感染或侵袭鱼类而引起生病的一种状态；鱼类中毒性疾病则是指受水质变坏或含有毒物、用药不当造成药物中毒、水体有毒等造成鱼类中毒的一种状态。两者是有本质性区别的，稍加注意即可区分七个不同之处，为采取补救控制措施打下准确、坚实的基础，可以将渔业损失最小化。
1、表现不同
鱼类病原体疾病一般表现为品种、规格单纯，数量较少。
中毒性疾病表现为品种、规格齐全，通常是全池性的。
2、病理反应不同
鱼类病原体疾病有比较明显的特异性病理反应。
中毒性疾病尤其是急性中毒，主要表现为鱼类活动规律的变化。
3、有无病原体
鱼类病原体疾病可以通过显微镜检查观察到病原体（如寄生虫、细菌），有的甚至肉眼都能观察到，如猫头鳋等。
中毒性疾病无病原体。
4、病程不同
病原体疾病引起病鱼死亡最快都要数天甚至1~2周，且病鱼死亡呈现零星、持续时间长等状态。
中毒性疾病，特别是急性中毒，病鱼死亡时间短、速度快、死亡量大，有的甚至从鱼类中毒到死亡仅需几十分钟。
5、体表症状不同
病原体疾病的病鱼体表往往有血斑、脓肿、溃疡。
中毒性疾病，鱼体表一般没有这些症状。
6、有无污染源
中毒性疾病有的有明显的污染源，如化工厂排放废水，且水中pH值发生变化等特征，以及各种鱼类对不同化学物的不同反应特征，且通过一定的化学分析检测技术可以确定有毒物的名称和含量。
7、体型瘦弱不同
病原体引起死亡的鱼类一般呈现体色暗淡、消瘦、头大尾小等症状。
中毒死亡鱼类的肥满度与正常鱼类没有区别，尤其是急性中毒死亡的鱼类。
另请参阅：
池塘鱼类中毒的分类及其解救措施接(下)---农药中毒和水质变坏中毒
鱼类的化学物中毒死鱼与鱼病死鱼、有毒藻类死鱼、缺氧死鱼的差异
鱼类发病的四个主要时段---两个发病高峰期、两个鱼病易发阶段
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