所有鱼类都有抵抗疾病的免疫系统，尽管该系统绝不像哺乳动物那样先进。该系统分为两个主要部分：防止物理入侵和内部病原体处理。身体保护以真皮和表皮的鳞片和层的形式出现。这些提供了对环境中物理损伤和疾病生物的防御，含有杀菌剂和杀真菌剂的粘液覆盖物进一步改善了这一点。这种粘膜不断更新。它有助于清除碎屑并阻止寄生虫附着在鱼身上。

病原体仍然可以通过身体伤害或消化道进入鱼类。尽管消化系统具有活性酶和非常不利于病原体的pH值，但疾病有时仍能存活。如果压力导致肠道消失，它也可能是一个问题——厌氧发酵和活性酶会攻击肠壁并削弱它，从而让疾病进入。

鱼类免疫系统的效率受其环境影响。较冷的水会减慢系统的速度，因此受感染的鱼往往会出现“发烧症状”并前往较温暖的地区。较冷的水可能会或可能不会影响感染：如果它不减缓病原体和免疫系统，死亡是不可避免的。鱼血液中的产物赋予一些一般免疫力：抗病毒化学物质干扰素和C反应蛋白会立即攻击细菌和病毒。

一旦检测到病原体，鱼的身体就会协调努力对抗它：首先，入口点被密封以纠正任何渗透调节问题并阻止异物的进展。入口处受损的细胞会产生组胺和其他产物，从而引起炎症并关闭血细胞。纤维蛋白原（血蛋白）和凝血因子形成纤维蛋白屏障，同时建立物理屏障。白细胞被吸引到同一区域并拾起异物，将它们带到脾脏和肾脏进行处理。

不幸的是，许多细菌有办法克服这些防御，通过产生破坏纤维蛋白的裂解剂，为感染开辟道路或释放攻击和杀死白细胞的毒素。

肾脏和脾脏会产生针对每种特定抗原（入侵疾病）的特定抗体。此过程最多可能需要两周时间。抗体附着在抗原上并以三种方式之一对抗它：解毒-让白细胞吸收并破坏它。吸引“赞美”——另一种有助于破坏抗原的血液成分。停止繁殖-停止抗原的增殖。

与所有免疫系统一样，熟悉的抗原比新抗原反应更快。系统反应更快，抗体已经存在，接触抗原后会迅速繁殖。这与疫苗接种中使用的原理相同，在疫苗接种中引入解毒抗原，让鱼有时间在没有风险的情况下建立适当的抗体。如果以后遇到全面的疾病，免疫系统可以更快地恢复，存活的机会就会增加。

值得注意的是，环境污染也会损害免疫系统，降低鱼对病原体的反应。