水产养殖底部发黑发臭的元凶主要有以下几类：

一、水质恶化

1. 有机质积累：残饵、粪便、死亡藻类等有机物不断沉积在池塘底部，分解时消耗大量氧气，产生硫化氢、氨气等有毒有害气体，导致底部发黑发臭。如南美白对虾养殖中，投喂过多饲料且残饵未及时清理，会使底部有机物堆积。
2. 藻类死亡：天气突变、水质波动等原因致使藻类大量死亡，沉入水底后腐烂分解，消耗氧气并释放有害物质，使底部环境恶化。比如蓝藻爆发后死亡，会引起水质恶化、底部发臭。
3. 水体缺氧：养殖密度过大、增氧设备不足或天气闷热等，造成水体溶氧不足，厌氧菌大量繁殖，将底部有机物分解产生恶臭气体和黑色物质。

二、底质污染

1. 淤泥过厚：长期未清淤的池塘，淤泥中富含有机物、细菌、病毒和寄生虫等，在厌氧条件下发酵，产生硫化氢等臭味气体，使底部发黑发臭，还可能滋生有害病菌。
2. 药物残留：频繁使用消毒剂、杀虫剂等药物，药物残留在底质中，破坏微生物平衡，影响底质正常功能，导致其发黑发臭。

三、生物因素

1. 有害细菌滋生：底部富集的有机物为有害细菌提供养分，使其大量繁殖，如弧菌等致病菌，它们分解有机物产生毒素和异味，引发疾病传播。
2. 寄生虫与虫卵：一些寄生虫及其虫卵可存在于底质中，在适宜环境下孵化繁殖，影响养殖生物健康，也会导致底质环境变差。

四、其他因素

1. 饲料问题：饲料质量差、营养成分不均衡，导致养殖生物消化吸收不良，排泄物增多，增加底部有机质负荷，引起发黑发臭。
2. 天气影响：连续阴雨天、高温天气等，会使水温、气压等环境因素变化，影响水体溶氧和物质循环，导致底部环境恶化。

综上所述，水产养殖底部发黑发臭是由多种因素共同作用的结果。在实际养殖过程中，养殖户应综合考虑各方面因素，采取科学合理的预防和治理措施。