定义不同：总氮是指水中的总氮含量，指水中以各种形态无机和有机氮的总量。氨氮是指水中以游离氨（NH3）和铵离子（NH4+）形式存在的氮。

含量不同：总氮包括无机和有机氮，无机氮包括氮氧化物、亚硝酸盐、硝酸盐和总氮等，有机氮包括蛋白质、氨基酸、有机胺和嫌气臭素等。而氨氮中只有游离的氨（NH3）和铵离子（NH4+）。

毒性不同：总氮是对水体营养物质污染的一个指标，而氨氮则是水中的营养素之一，高浓度的氨氮对水体有毒害。

来源不同：总氮主要来自生活污水、畜禽养殖废水、农业污水等。氨氮主要来自肥料、化肥、洗涤剂、清洁剂等。