发生小瓜虫病病鱼的体表、鳍条上出现少量白色小点，鱼体因受刺激而不断在池底摩擦。随着病情的加重，鱼体体表、头、鳃、鳍条等部位布满小白点，并伴有大量黏液，鳃组织充血发红，随后迅速传染，严重时鱼体体表覆盖一层薄膜，病鱼离群，反应迟钝，食欲下降，身体消瘦、运动失调，最后缺氧死亡。

镜检可在视野内看到明显的梨形虫体，呈自传式游泳方式运动，在低倍镜下连续观察，一个视野有6-8个虫体，即可确诊。如果没有显微镜，可将有小白点的鳍或皮表剪下，放在盛有水的白磁盘中，在光线好的地点，用2枚针轻轻将白点的膜挑破，连续多挑几个，如果看到有小虫滚出在水中游动，即可作出诊断。

小瓜虫病病原体大多是多子小瓜虫。在水产养殖过程中，此病常在冷水鱼和无鳞鱼身上发生。