益生菌作为一种活性微生物，会对宿主产生益处，它在生殖系统、肠道当中定植，可以发挥一定的健康功效，进而优化宿主体内的微生态平衡。当前人们已经发现的益生菌种类非常多，包括微藻、真菌、细菌等。无论哪种益生菌，均体现出以下特征：第一，经相关体外实验，发现益生菌可对病原菌产生一定拮抗作用，进而抑制病原菌的生长繁殖；第二，益生菌可以在肠道以及养殖水体当中存活，帮助分解有机物；第三，经相关感染实验，发现适当的应用益生菌，可以使动物对病原体具有更强的抵抗力，并以此为基础使动物具有更高的生长性能，对动物健康生长非常有益。

益生菌虽然是菌株，但它对宿主没有危害性，宿主摄入益生菌后能够获得食欲改善效果。不同的益生菌及发挥的作用是有差异的，目前在水产养殖中应用的益生菌品种主要分为两种类型，一种是可以改良水产动物体的益生菌；另一种是可以改良养殖水体的益生菌。其中能够对水产动物进行改良的益生菌包含酵母菌、芽孢菌、乳酸菌。

酵母菌属于一种需氧菌，它所喜欢的生长环境是偏酸环境，会通过氨基酸、糖分等有机物进行发酵，可以在消化道当中实现大量繁殖，使其他有益菌种获得优良的生长环境。酵母菌自身蕴含大量维生素、矿物质等动物所需物质，可以使消化酶保持更高活性，并有助于水产动物的免疫系统及消化系统更好的发挥作用。

芽孢菌是在消化道当中生存的一种孢子形态益生菌，在全部益生菌当中，芽孢菌是稳定性最强的一种益生菌，其具有抗挤压、抗高温、抗碱、抗酸等特点，能够产生大量蛋白酶、淀粉酶、维生素B、维生素C，应用在水产养殖领域可使水产动物更有效的吸收营养物质。芽孢菌还可以对木聚糖等发挥分解作用，使水产动物提升自身抵抗能力。

乳酸菌能够在对碳水化合物进行分解过程中，生成多种有机酸，并以此为基础降低肠道内环境当中的pH值，进而一定程度上抑制其他杂菌或有害菌群的生长，使肠道保持菌群平衡状态。通过乳酸菌实现维生素B族等相关有效物质的合成，可以和水生动物体内所含有的各种有毒物质进行中和。当前水产养殖领域中，乳酸菌是应用比较早并且应用比较广泛的一种重要益生菌。

能够改良养殖水体的益生菌包含了光合细菌和气单胞菌，其中光合细菌属于一种自养菌，其功能非常多。在发生光合作用期间，光合细菌能够通过水中的热与光，基于乳酸大量的吸收水中有害物质，并同步分泌大量生物活性激素、维生素等对水产动物生长非常有利的各种物质。同时，光合细菌还能在一定程度上调节水质。气单胞菌可以分泌大量的抗甲藻因子等活性物质，对水体当中生长的藻类产生一定抑制作用，防止藻类过度生长，污染水体。