我国允许直接在饲料中添加的微生态制剂共34种，其中芽孢杆菌类有7种：枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌、迟缓芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌、侧孢短芽孢杆菌。

使用方法主要有两种：直接投放、净化水质，以及作为饲料添加剂使用。

芽孢杆菌优点是：

1、稳定性强；2、不易变性；3、损耗少：4、繁殖快：5、生长周期短；6、个体较大。

芽孢杆菌其主要作用：

一、改善水体环境

芽孢杆菌在生长过程中能分泌各种不同胞外酶，分解水体中残留有机物和氨氮亚盐等有害物质，从而达到改善水质的目的。芽孢杆菌能将池塘中残留大部分有机物降解为小分子物质，有利于单细胞藻类利用，促进养殖水体中有益藻类生长繁殖，抑制蓝藻等有害藻类生长，维持良好藻相，巨大芽孢杆菌能有效降解水体中亚硝酸盐和难溶解磷。侧孢短芽孢杆菌代谢产物对颤藻有很好的溶藻效果。

二、促进生长

芽孢杆菌能够分泌多种胞外酶等代谢产物，当其进入肠道后，帮助降解饲料中营养成分，促进水产动物消化吸收，增强其生长性能，进而提高饲料利用率。丁酸梭菌能抑制肠道有害细菌繁殖，调节肠道微生态平衡。它代谢产物丁酸是水产动物肠道黏膜上皮细胞的主要能力来源，能促进黏蛋白和防御素的分泌，强化上皮细胞的紧密连接，促进肠道黏膜快速修复。能明显促进水体动物的生长。

三、提高免疫力

芽孢杆菌能改善肠道健康，优化肠道菌群结构，间接提高了动物免疫力。

四、抑制病原菌

一些芽孢杆菌如枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和纳豆芽孢杆菌等均具有分泌抑菌物质的能力，可以不同程度地抑制原菌的生长繁殖，恢复肠道内稳态，提高机体抗病能力。适当浓度的益生菌可产生抑菌剂，和有害菌竞争生态位点和营养物质，同时在长代谢过程中还能分泌抑菌物质，来抑制病原菌的生长。与病原菌争夺营养物质，从而提高肠道中益生菌的丰富度。

五、芽孢杆菌平衡水产动物肠道菌群的作用，芽孢杆菌能够在水生动物肠道内生长繁殖形成优势菌群，参与机体的新陈代谢，改善肠道形态，促进动物生长发育。

所以微生物制剂在水产养殖生产中应用广泛，具有改良水质、增加溶氧、降低氨氮、抑制致病菌生长，改善动物体内水环境生态平衡，提高动物抗病与免疫力，促进养殖对象生长等功能。