抗菌素药物用药的疗程要考虑两个方面，一是给药的间隔时间，即一种养殖生物经确诊疾病后，每日用药一次或每日用药两次或更多，或隔日用药一次；二是总共应当用药多少次和多少天。

用药的间隔时间和疗程是根据具体药物的半衰期（T1/2）、药物在机体内吸收、分布和排出的过程即药代动力学以及药物在机体内对病原体的作用力确定的。养殖者和技术人员必须按照药物使用的说明，严格掌握用药次数和用药量，切勿随意增减。

用药时间则应根据具体的药物、养殖的种类、疾病的类型等综合考虑。例如日本对虾患细菌性弧菌病，则应在傍晚或夜间投喂抗菌素药饵，因为日本对虾白天潜伏泥沙而晚上有外出并摄食的习性，因此在夜间投喂药饵对该病的防治更为有效。口服抗菌素药物一般5—7天为一个疗程，每天1—2次。