1、注射时间过早或鱼种已被病毒细菌等感染
（1）接种时间过早，指接种时水温、气温过低，即最高气温3℃～5℃，最低气温甚至在零度以下。一些单位和渔户为了图省事，怕麻烦，趁早春放鱼季节，不管气温、水温高低即开始给草鱼注射疫苗，结果注射疫苗后达不到预期目的。
（2）池塘未消毒且注射疫苗前鱼种不消毒，原有的病原微生物没有彻底杀灭，不仅注射时易被细菌感染，而且又把病原菌带到新环境中形成重复感染。
（3）鱼种本身已感染了病菌没有治愈，注射疫苗后不能起到免疫的效果。
2、接种免疫方法及操作不对头
（1）水花用菌苗浸泡时，全用新鲜的自来水装袋浸泡。自来水中有大量的余氯，一些单位和渔户，图省事，水花出环道后，即装袋浸泡，结果自来水中的余氯杀死了疫苗。
（2）用河水浸泡时，把装好的尼龙袋放在太阳下曝晒，致使疫苗死亡，不能达到浸泡免疫的效果。C.给鱼种注射疫苗时，针头、针管不严格消毒，甚至打空针、打漏针，疫苗剂量忽多忽少，更有甚者在疫苗中乱加激素药物。
3、疫苗质量差，保管不当
（1）疫苗不纯，含有毒株。
（2）有些疫苗不是正规厂家生产，过期失效的疫苗还在继续使用。
4、水花带病，发育不完全
（1）水花生产过程中环道水质过肥，水花易患气泡病及寄生虫病，采购水花时粗心大意把病鱼装袋浸泡。
（2）水花内部器官发育不健全，刚出腰点即出环道。幼小鱼苗自身免疫系统不完善，难以产生免疫应答反应，不能起到免疫效果。

1、预防早期感染
（1）草鱼注射前10天要用“百毒净”（气温低时稍加量）彻底消毒杀菌，杀死鱼体及池水病原菌。
（2）对要转鱼的空塘彻底消毒杀菌，使免疫过的鱼种在新的环境中不受新病原的感染，从而能正常生长。
（3）病鱼、体质差的鱼不能注射疫亩，更不能把有病鱼种放到免疫鱼群中混养。
2、制定适当的免疫程序
按照鱼的体质、规格情况以及水温、气温确定接种时间、方法、剂量。
3、遵守疫苗接种操作技术规程
（1）疫苗接种是防治“三病”的重要手段，选择疫苗时，要挑选正规厂家生产的疫苗。
按照要求，选择疫苗首先要看疫苗的名称、批准文号、生产批号、出厂日期、保存期、使用方法、保管容器、询问运输方法等。如果上述内容不全，说明是不合格疫苗。同时还要逐瓶检查看瓶子有无破损、瓶盖是否松动、瓶内容物的性状是否有异常，瓶内容物颜色与标签上的说明是否一致等等。另外，还要看保存方法是否在低温下保管。若不合乎上述要求，均不能用。
（2）疫苗注射一定要找熟练的人员操作，并选择晴朗天气进行，气温最好在15℃以上，低温天气不能注射。针头、针管严格消毒。
（3）苗种的选择，要挑选无病无伤，规格一致的苗种。
（4）固定针头的深浅，在注射前视鱼的规格大小用铜丝把针头缠到规定的深度，以免刺伤鱼的内脏。
（5）注射时，一定要做到稳、准、快，避免弄伤鱼体。注射器最好选用连续注射器，好处是剂量准确、省时、省工。
（6）水花浸泡，要选择出腰点后能平游、无气泡病和寄生虫的鱼。用自来水浸泡水花时最好曝气24小时后，按说明加疫苗装袋浸泡。浸泡的水花袋一定要放在通风、低温的地方，不能高温曝晒，方能取得免疫的效果。

草鱼免疫是当前防治"三病"手段之一，注射后要适当加注新水增加鱼的活动量，做好详细记录，如时间、水温、剂量等，并注意观察注射后鱼种有无异常情况发生。5月以后气温、水温升高，也是鱼的发病季节，这时候巡塘特别重要，要观察鱼的吃食情况、生长速度、发病情况，并且一一记录，以便验证疫苗质量好坏，从中找出成功或失败的原因，给今后养鱼提供参考依据。