目前常用的水处理杀菌灭藻剂主要有两大类，即：氧化性杀菌剂和非氧化性杀菌剂。

氧化性杀菌灭藻剂

氧化性杀菌剂对水中其它的还原性物质都能起到氧化作用，当水中存在有机物、硫化氢、亚铁离子时，会消耗掉一部分氧化性杀菌剂，降低它们的杀生效果。

循环冷却水系统中常用的氧化性杀菌剂为含氯化合物、过氧化物、含溴化合物等具有氧化性能的化合物。这些化合物普遍具有杀菌灭藻速度快、杀菌效果的广谱性高、处理费用低、对环境污染相对影响较小、微生物不易产生抗药性的优点。

不足之处是受到水中的有机物和具有还原性物质的影响较大，药剂时间短，受水中的PH值影响也较大，同时，分散渗透和剥离效果差等。

非氧化性杀菌灭藻剂

非氧化性杀菌灭藻剂不是以氧化作用杀死微生物，而是以致毒作用于微生物的特殊部位，因而，它不受水中还原物质的影响。

非氧化性杀菌灭藻剂通常是氯酚类、季铵盐类的非氧化性化合物。非氧化性杀菌灭藻剂的杀菌作用有一定的持久性，对沉积物或黏泥有渗透、剥离作用，受硫化氢、氨等还原物质的影响较小，受水中PH值影响较小。

杀菌灭藻剂广泛应用于电厂、皮革、建筑、涂料等行业的循环冷却水系统中，能抑制水中藻类等微生物的生长，防止微生物粘液的形成。