对患病养殖鱼类使用药物后的药物疗效通常可以从如下几个方面进行判定。

1 死亡数量

在投药后的3～5天内，如果选用的药物适当，患病养殖鱼类每天的死亡数量会逐渐下降而显示出药物的治疗效果。若是用药5天后死亡率仍然未出现下降的趋势，即可判定用药无效。

2 游动状态

健康的养殖鱼类往往是集群游动，而患病后的养殖鱼类大多是离群独游，或者是静卧在池底不动。采用拌药饵投喂的方式给药时，由于出现了这种症状的养殖鱼类大多已经失去了食欲，所以难以获得治疗效果而控制死亡现象的发生，采用药液浸泡的方式就有可能治愈症状较轻的养殖鱼类。如果选用的药物有效的话，患病养殖鱼类的游动状态也会逐渐改善。

3 摄食量

在患病后的养殖鱼类摄食量一般都会下降，用药后摄食量应该逐渐恢复到健康时的摄食水平。

4 症状

不同的疾病具有各自不同的典型症状，如果用药后其症状得到改善或者消失，即可以判定药物治疗是有效的。

5 病原菌保有率

在发病的前期和发展期，养殖鱼类群体中的病原菌保有率均很高，随着患病症状的逐渐改善，保菌率也会逐渐下降。药物治疗效果的判定不仅要依据死亡率的下降和临床症状的消失，还需要通过检查养殖鱼类群体中的病原菌保有率的高低，从细菌学角度判定是否已经痊愈。

6 抗体效价的变化

因为患病的养殖鱼类痊愈后，其体内会存在对引起该疾病的病原体的抗体，通过测定这种抗体的效价，不仅可以对病情作出判定，而且也可以了解养殖鱼类患病的历史。

7 病理组织图像

通过组织切片，比较正常与患病组织的差异，以判断药物治疗的效果。这种方法虽然是最有效的方法，但是，由于这种方法的过程比较复杂，因此一般都较少采用。