三毛金藻病大多是舞三毛金藻和小三毛金藻引起，小三毛金藻细胞呈椭圆形或球形，前端有三根鞭毛，鞭毛基部附近有一个伸缩泡，两侧有2个金黄色叶状色素，白糖素位于后端，在细胞的中部有许多微粒状小粒，细胞的个体很小，需在电子显微镜下才能看清内部结构。

三毛金藻为广盐性藻类，在盐度0.6～70水中均能生长，最适盐度为3～5。水温零下2℃时，仍可生长，并能对鱼类产生危害，30℃以上生长不正常，但在高盐度（盐度30）的水中，即使高温也能很好地生长。三毛金藻最适生长的pH值为8.0～9.0，当pH值6.5时仍能生存。因此，凡碱度高、盐度高、透明度大、有机质含量少、缺磷的池塘在冬、春的低温季节易大量繁殖。

三毛金藻怕阳光，故在表层水中比0.4米以下水域中三毛金藻要少得多。当水中有大量三毛金藻时水呈棕褐色，透明度大于50厘米，溶氧丰富，水中的含氧量大都在8～12毫克/升。

三毛金藻的活体分泌毒素，但这些毒素不能直接毒死鱼类，一旦毒素被水中的钙和镁等二价阳离子激活后，不仅能毒死鱼类而且对用鳃呼吸的其他水生动物（如蚌、蝌蚪等）也产生毒性。因此，鱼类的中毒症状常发生在注入部分地下水或下雨后。

三毛金藻的毒素被阳离子激活后，在pH值9.0时毒性最强，pH值7.5以下毒性迅速降低，当pH值6.0时，毒性消失。但在数天之内毒性的变化是可逆的，所以三毛金藻毒素引起中毒一般发生在偏碱性的水中。