太平洋西北部海域、大西洋东北部海域、太平洋东南部海域是世界主要渔场。日本位于太平洋西北部海域，南北狭长，沿岸有大量暖流和寒流，海岸线生态环境丰富多样。从世界范围看，日本海域中生物多样性也是处于极高水平的，日本周边水域中栖息着全世界127种海生哺乳类动物中的50种，全世界约300种海鸟中的122种，全世界约1.5万种海水鱼中的3700种（其中日本固有种约为1900种）。日本降水量是世界平均降水量2倍以上，国土面积7成由森林覆盖，其水源含量和营养机能丰盈，让日本享受着丰富的自然恩惠。

在这样富饶的天然环境下，日本自古以来就有着以渔业为生的特点。近代以来，随着造船技术的进步，渔场已逐步从沿岸走向了近海和远洋，并通过各种方式进行作业。与其他发达国家相比，日本的小型渔船比例较高，因此，在渔业资源管理方面，日本采取了符合日本渔业特点的三大管理措施。如图所示，一是投入量规则，即通过控制渔船数量和捕捞期限，从入口限制捕捞压力；二是技术规则，即通过对渔船设备和渔具进行限制，达到保护幼鱼的管理效果；三是产出量规则，即设定渔获可能量（TAC），在出口限制捕捞压力。

日本根据渔业特点、从业人数及渔业对象的资源变化状况等，分别采用上述一种或多种组合管理制度进行渔业资源管理。

一是渔业权制度与渔业许可制度。以沿岸定居性比较高的渔业资源为作业对象的渔业（如采贝、采藻等），或经营定置网渔业，或需要占有一定的海面以及内水面养殖渔业等，需要由都道府县知事向渔业协同组合或者其他法人等授予渔业权。获得共同渔业权的渔业协同组合，利用限制渔业经营者资格（投入量规则）、渔具和渔法的限制以及作业期间的限制（技术规则）等，实施资源管理。另一方面，由于近海和远洋渔业对渔业资源的影响比较大，需要与其他海域和其他渔业生产方式之间进行调整，设置了农林水产大臣或者都道府县知事的许可制度。对许可渔船数和总吨数进行限制（投入量规则），根据其必要性还对作业期间和区域以及渔法等进行限制（技术的规则），进行渔业资源管理。

二是渔获可能量（TAC）制度。适用对象首先是主要经济鱼类，如资源状态恶化需要采取紧急对策进行强化管理的鱼类，以及外国渔船在日本周边捕捞的鱼类等，并且有资源评估数据支撑，目前的适用品种有7种，即鲭、狭鳕、长缟鲹、斑点盖纹沙丁鱼、鲐鱼类、太平洋褶柔鱼和松叶蟹。确定每种鱼的渔获可能量（TAC）后，按照不同的都道府县进行分配，分配的渔获可能量（TAC），再由渔业者自主协商进行承担种类和数量的分配。

三是个人配额（IQ）管理制度。按照单个渔业者或者渔船确定每年渔获量上限。这也是属于产出量规则的方式之一。在实施IQ制度过程中，因为存在海上抛弃小型鱼的可能性，所以在引入这种管理机制的时候，要对其效果和问题进行综合考虑。目前，日本政府对以南金枪鱼及大西洋蓝鳍金枪鱼为对象的远洋金枪鱼延绳渔业，以及对于在日本海中捕获松叶蟹的渔业，引入了个人配额（IQ）管理方式。2014年10月开始，以在北部太平洋中从事捕捞鲭类的大中型围网渔船试行了个人配额（IQ）管理制度。2015年10月至2016年3月，扩大了大中型围网试行渔船数量。从试行结果看，虽然能确保提高渔获可能量（TAC）管理的效果，但是由于渔民可以只选择捕捞价格比较高的大型鱼，所以效果提高不明显。2016年10月至2017年3月，继续试行个人配额（IQ）管理制度，以期获得更充分的数据进行效果评估。

四是渔民自主资源管理措施。通过协会和渔民会员签署协议，确定作业方式、捕捞对象、个体大小、作业期间和区域等方面的限制条件，并进行自主管理。这种管理措施的优势是容易被渔民遵守。另外，由于发挥了渔民之间相互监督的作用，从而大幅降低了渔政管理成本，实现了政府和渔民共同管理的效果，这就是所谓的共同管理，这也是在有大量小规模渔业者存在地域中最为有效的资源管理方式。日本的这种渔业管理方式已经受到全世界的关注，在国际上得到了极高的评价。国家在渔业资源管理过程中，受到渔民自主资源管理措施的支持。2011年，日本政府出台了《资源管理指针》及配套的《资源管理计划》。至2017年3月，共出台了1930条资源管理计划细则，同时，不断对各项细则进行评估和完善。目前，日本的渔业产量中约9成是在《资源管理计划》框架下生产出来的。

五是日本沿岸的渔业取缔。为了提高渔业资源管理措施效果，必须要确实遵守已经决定的各种规则。特别是对于海胆、鲍鱼、海螺、海参等礁底渔业资源。由于它们价值高而且容易采捕，所以经常被作为偷渔的对象。对于这类渔业资源，在多数海域已经被列入渔业权的对象，相关渔业者开始进行苗种放流，设定禁渔期和禁渔区，限制渔获物规格等。渔业者为了保护这类资源付出了巨大的努力，但是，这类资源的偷渔现象仍在增加，从而使这类渔业资源与渔业经营受到了极大的损害。根据水产厅通过各都道府县的调查结果，仅2015年，向全国的海上保安厅、都道府县警察及都道府县的渔业机构举报的违法案件达到了1856件（其中海面1703件、内水面153件）。近年来，虽然渔业者违法作业的案件数量减少，但是渔业者以外的偷渔现象频频发生。因此，相关机构要紧密地联合起来，在采取强化取缔措施的同时，也要对市民通过普及资源管理规则的相关知识，防止偷渔现象发生。日本的海上保安官、警察官、渔业监督官、渔业监督吏员要并肩作战，共同行使渔业取缔任务。此外，各地的渔业协同组合，要组织渔民在夜间和休渔期间进行渔场的监视和通报等，实施防止偷渔活动的措施。为了防止偷盗的渔获物进入流通领域，在多数的都道府县里采取了限制体长的资源管理措施，对于无论从什么地方采捕的鲍鱼和海参等，在禁止其销售的同时，对于没有渔业协同组合等发放的证明的水产品，杜绝其进入市场流通。

六是苗种增殖放流措施。为确保渔业可持续发展，采取苗种放流等增加资源的措施非常重要。目前，以都道府县栽培渔业中心为主要力量，对牙鲆、真鲷、海胆类、鲍鱼类等实施苗种放流措施，全国约有70种水产动物苗种实施放流。日本政府在2015年制定的《第7次栽培渔业基本方针》中，决定要有计划、有效率的推进苗种放流。依据这个方针，放流后的苗种除作为渔获外，还需要留下一部分作为亲鱼，确保它们能繁育下一代，继续推进《资源造成型栽培渔业》中的措施。此外，对于牙鲆、真鲷及红鳍东方鲀这样的可以越过都道府县的区域而移动的水生动物，在全国划分为6个地区，分别设立了《海域栽培渔业推进协议会》，在不同的海域有效进行苗种生产和放流。此外，对于大麻哈鱼，采取捕捞亲鱼，进行人工采卵和授精，将孵化后的稚鱼放流到河流中的孵化放流措施。但是，近年来，放流后大麻哈鱼稚鱼的回归率下降。由于气候变动导致海洋环境的变化，可能会对放流后的稚鱼成活率产生影响。为此日本政府支持根据环境的变化改善放流方法的措施。