EM菌富含多种营养物质和生物活性物质，可以利用本身的酶类，以此来补充水产动物在消化酶分泌上的不足，通过降解抗营养因子，产生多种氨基酸、维生素和消化酶等物质，从而提高了营养物质的吸收和利用。其次，EM菌在饲料发酵处理的过程中，微生物能够有效降解饲料原料中的抗营养因子和有毒成分，增加了水产动物饲料的适口性、采食量，从而提高水产养殖动物的生长性能。

使用方法：1千克EM菌用10千克水稀释后拌入40 千克饲料中，隔天按2.5 千克/亩投喂。具体方法为将EM菌用喷壶均匀喷洒在饲料上，边喷洒、边拌匀，使含水量达到30%～35%，以用手抓可握成团而不出水、落地即自行散开为度。将混合好的饲料装入发酵桶或其他密闭容器中，盖严密封防止透气，造成厌氧发酵环境；也可将饲料装入厚塑料袋中扎紧袋口进行发酵。发酵温度3O～40℃，发酵1～2天(豆粕或菜粕含量高的饲料发酵时间适当延长)。质量判定方法为用温度计插入缸内饲料中检测温度，以温度达到40℃左右、饲料略带甜酸味、pH为4左右为宜。

EM 菌为酸味略带醇甜香的褐色半透明液体，初开瓶时，若气味有变化(出现异味、只酸不香、只甜不酸或没有酒曲香味)即为变质，就不能使用；若容器底部稍混浊及上部浮有少量白色物质，则均属正常。用后应立即盖紧瓶盖，保持密封。一般使用EM 菌12 小时后，应注意池塘溶氧情况，防止缺氧浮头现象发生。避免在阴雨、闷热天使用EM 菌。EM 菌应存放在避光、凉爽的地方，适宜温度为5～45℃，超出这个温度范围，有些菌种的活力会受影响，应适当增加用量。