三毛金藻细胞呈椭圆形或球形，前端有三根鞭毛，鞭毛基部附近有一个伸缩泡，是一种广盐性藻类，多分布在淡水水体，生活于透明度较大、温度较低，有机质含量低的水体。多分布于水体的中、下层。

三毛金藻在碱度高、盐度高、透明度大、有机质含量少、缺磷的池塘在冬、春的低温季节易大量繁殖，大量繁殖时向水体分泌细胞毒素，可使鱼类和水生动物中毒死亡。三毛金藻中毒一年四季都可发生，只是夏季水温高，水中蓝藻、绿藻大量繁殖，可抑制三毛金藻的生长，因此很少发生。

危害：三毛金藻能耐低温，因此容易形成优势种群，造成危害。三毛金藻的活体分泌毒素，三毛金藻的活体分泌毒素，但这些毒素不能直接毒死鱼类，而是引起鱼类中枢神经中毒，使之正常生理机能失常。一旦毒素被水中的钙和镁等二价阳离子激活后，不仅能毒死鱼类而且对用鳃呼吸的其他水生动物（如蚌、蝌蚪等）也产生毒性。因此，鱼类的中毒症状常发生在注入部分地下水或下雨后。另外，三毛金藻在海洋中大量繁殖也可在形成赤潮。

措施：冬季和早春保持池水适当的肥度，水质肥有益藻类繁殖快，可抑制三毛金藻的孳生，免其危害。若越冬前期透明度较大，可适当补施一些碳酸氢铵、过磷酸钙等化肥。