物理调控法 

该法是采用沉淀池过滤或沸石粉吸咐，将养殖水体中的杂质和污染物去除。此法不会对养殖环境造成二次污染。  

化学调控法 

即采用生石灰、漂白粉、絮凝剂、含氯或含溴消毒剂以及一些染料等有机或无机化合物来改善水质。这种方法是治标不治本的方法，只能在短期内产生效应，且在改良水环境的同时，会对水产动物产生不良影响，有些甚至会对环境与食品安全产生重大影响，故要慎重使用。  

生物调控法 

采用水草的种植、螺蛳的放养、有益菌的添加和浮游生物的培育（如施肥）等，利用有益微生物在水体吸收氨氮、亚硝酸氮及硫化氢等，能有效分解大分子有机物，同时抑制致病菌的大量繁殖。该法是目前比较流行的新型处理方法，也是推行绿色养殖的最佳措施。可根据养殖品种选择相应的生物调控法。  

目前应用最广泛的有益菌是光合细菌。应用光合细菌应注意：

配合使用。该菌的活菌形态微细、比重小，若采用直接泼洒的方法，其活菌不易沉降到池塘底部，无法起到良好的改善底环境的效果。因此，建议全池泼洒光合细菌时，尽量将其与沸石粉合剂应用，这样既能将活菌迅速沉降到底部，又能起到吸咐氨的效果。

适温使用。使用光合细菌的适宜水温为15℃~40℃，较适水温为28℃~36℃，因而宜掌握在水温20℃以上时使用。阴雨天勿用。

与肥混用。将光合细菌与有机肥或无机肥混合应用，可明显增强使用效果。视水质使用。要根据水质实际状况决定应用方法：水质较肥时，使用光合细菌可促进有机污染物的转化，避免有害物质积累，改善水体环境和培育天然饵料，保证水体溶氧；水质清瘦时，使用光合细菌前应先施肥，以保持光合细菌在水体中的活力和繁殖优势，降低使用成本；在酸性水体中使用光合细菌，应先施用生石灰，间隔3~4天再使用光合细菌；要避免与消毒杀菌剂混合使用。